1号线：为东西向骨干线，连接汊河新城、苏滁产业园、城东工业组团、城南新区、市政府、科教园及高铁滁州站。线路主要经由洪武路、丰乐大道、龙蟠大道、徽州路、扬子路、碧桂大街。线路全长55.32km，其中滁州境内线路里程47.06km。全线设车站13座(滁州境内车站12座)，其中换乘站3座。
2号线：为南北向骨干线，连接区琅琊新区、老城区、城南新区、京沪高铁滁州站和全椒组团、沪汉蓉铁路全椒站。线路主要经由三官路、宝山路、南谯路、中央东路、永乐路、椒陵大道、儒林路。线路全长37.56m，设车站24座，其中换乘站3座。
3号线：南北向辅助线，连接来安组团、示范园组团、苏滁现代产业园、老城区及铁路滁州北站。线路主要经由建阳路、城南路、胜利路、苏滁大道、扬子路、琅琊路。线路全长28.35km，设车站15座，其中换乘站2座。
4号线：为东西向辅助线，连接滁州高铁站、城南新区、南谯新区(乌衣镇)及南京新林场站。主要经由洪武路至至乌衣镇，再经雪枫路转向南京方向，经汤泉镇、永宁镇至南京江北新区新林场站。线路全长39.31km，其中滁州境内20.12km。全线设车站9座(滁州境内3座)，其中换乘站2座。
根据轨道交通建设时序规划及建设时机安排，结合滁州市城市总体规划发展战略。滁州市轨道交通线网分期规划方案如下：
第一阶段：2020年以前，滁州市城市轨道交通的起步阶段 2020年以前，开工建设1号线全线，全长55.32km，其中滁州境内线路里程47.06km。本阶段轨道交通主要为了滁州加强与南京间的联系，推进滁宁一体化，加快融入南京都市圈。轨道交通串联了高铁滁州站、城南新区、苏滁现代产业园、承接产业转移示范园、水口镇、汊河镇、南京新林场站等重要客流集散点。着力推进滁宁一体化，引导和支撑苏滁现代产业园、承接产业转移示范园建设发展，并带动汊河新城的建设发展，加强高铁站与中心城区的快速联系。形成滁州市城市轨道交通的示范工程。本阶段是滁州市轨道交通的起步阶段。
第二阶段：2020-2030年，滁州市城市轨道交通的发展阶段 2020-2030年，开工建设2号线和3号线全线及4号线一期工程，线路总长79.87km。其中，2号线为南北向骨干线路，加强全椒与主城区的联系，缓解中心城区交通压力，线路自琅琊新区北外环路站至全椒火车站，全长37.56km；3号线连接老城与来安，加强来安与中心城区的联系，线路自主城西涧路站至来安城北路，全长28.35km；4号线连接高铁滁州站、城南新城、南谯新区，线路自高铁滁州站址乌衣镇，全长13.96km。
本阶段轨道交通新增线路主要用于加强来安、全椒副城与中心城区之间的联系，促进南谯新区的发展，实现全椒、来安等城市远期重点建设区域的轨道交通覆盖，在城市核心区形成“T字”形轨道交通主骨架网络，轨道交通覆盖城市东西向、南北向主要交通走廊。项目建成运营后，中心城区轨道交通实现基本成网，轨道交通的网络效益初步体现。本阶段是轨道交通线网的发展阶段。
第三阶段：2030-2050年，滁州市城市轨道交通的完善和展望阶段 2030-2050年，开工建设4号线二期工程，4号线由乌衣镇延伸至南京新林场站，进一步加强滁州与南京间的联系，促进宁滁同城化发展。建设里程19.19km。本阶段是滁州市轨道交通网络的优化和完善阶段。
